إنطلق برنامج ماجستير الرياضيات في جامعة بوليتكنيك فلسطين في الفصل الأول من العام الأكاديمي 2006/2007م بعد أن حصلت الجامعة على ترخيص وإعتماد له من قبل وزارة التربية والتعليم العالي.

برنامج ماجستير الرياضيات هو برنامج عام عدد ساعاته (36) ساعة. وهناك مساران للبرنامج هما مسار الرسالة ومسار الإمتحان الشامل. تنقسم خطة البرنامج الأكاديمية إلى ثلاثة أقسام:

1.      متطلبات التخصص الإجبارية (18) ساعة معتمدة:  وتتألف من المساقات التالية: جبر مجرد (1) ، ورياضيات تطبيقية (1) ، وتحليل حقيقي ، وتحليل عدددي ، وتحليل عقدي(1) ، ونظرية  إحتمالات.

2.      متطلبات التخصص الإختيارية (12) ساعة معتمدة: حيث يختار الطالب أربعة مساقات من قائمة المساقات الإختيارية التي يعرضها القسم.

3.      رسالة الماجستير لمسار البرنامج برسالة أو حلقتي بحث وإمتحان شامل لمسار الإمتحان الشامل.

إهتمامات المدرسين البحثية هي في موضوعات التحليل العددي ، التحليل الدالي ، والجبر المجرد ، والرياضيات التطبيقية.

يوجد على ملاك البرنامج حالياً سبعة مدرسين ، واحد برتبة استاذ واخر برتبة استاذ مشارك واثنان برتبة استاذ مساعد ، وثلاثة اساتذه مبتعثين للدكتوراه.